Bozdoğan Türkçe bir kelimedir.Boz ve Doğan kelimelerinden meydana gelmiştir.İlk anlamı Bozdoğan ateşli silahlar bulunmadan kullanılan ilkel bir silahtır.Atlı veya askerlerin Bozdoğanları olurdu.Atlıların daha ağır olur ve sol yana asılırdı.Yaya askerlerin Bozdoğanları ise sapı ağaçtan ve başı bakırdan yada sadece demirden yapılırdı.Daha sonra Türkiye genelinde daha çok ağaç-çomağa Bozdoğan denmeye başlanmıştır. Türkiye´nin genelinde yer-yurt adı olarak kullanılan Bozdoğan´ın bu anlamla pek ilgisi yoktur. Öncelikle Bozdoğan sözcüğü bir silah adı olmaktan öte,bir Türk boyunun adıdır.Anadolu´ya göç eden Oğuz boyları içinde “Bozdoğan´lılar” boyu olduğu bugün tarihi kaynaklarda yazılmaktadır.Ve bunların en büyük özelliklerinin yerleştikleri bölgelere adlarını verdikleri bilinmektedir.Ayrıca Bozdoğan´ın bir mahallesinin ismi de Eymir´dir.Eymir boyunun bu günkü Eymir mahallesinde yurt edindikleri bazı kaynaklarda rivayet edilmektedir.Önceden Bozdoğan´a bağlı olan fakat ulaşımı Muğla´ya devredilen Çavdır köyü içinde Çavuldur boyunun yerleşmiş oldukları bilinmektedir. Bugün Bozdoğan´ın kuruluşuna ait çok çeşitli rivayetler dolaşmıştır.Bu rivayetlerden birkaçı şöyledir. Malazgirt Savaşının Türkler tarafından kazanılmasından sonra Anadolu´ya yayılan Türkler tarafından kurulduğu bilinmektedir.Tarih olarak 1075-1175 yıllarına kadar varlığı bilinmemektedir.Bu tarihlerde doğudan batıya doğru hızlı bir akım vardır.Ve bu akınlara katılan boylardan birisince kurulmuştur.Öncelikle Bozdoğan´a gelen Türk boyları Eymir´e yerleşmiştir.O zaman oralarda Kıptiler´le,Rum´lar yaşamışlardır.Sonra burada yaşayan Boz bey kendine bağlı obalarla birlikte buradan göç ederek Mardan Dağı´nın eteklerine yerleşmiştir.onunla birlikte Doğan bey de onun yerleştiği tepenin tam karşısı olan Hıdırbaba tepesine yerleşmiştir. Boz Bey´in Armutalanı bayraktarı Mardan Baba´dır.Doğan Bey´in bayraktarı ise Hıdır Baba´dır.Bu ikisinin zamanının evliyaları olduğu söylenir.Hatta bunların üç arkadaş olduğu bilinmektedir.Üçüncü de Biresse Baba´dır.Aydınoğulları beyliği 1390 yılında Osmanlı Hükümdarına bağlılığını bildirmesi üzerine 1390´da Osmanlılara bağlandı.Yıldırım Beyazıt çıktığı Anadolu seferinde Aydınoğullarını Osmanlılara bağımlı hale getirdi.Bu sıralarda doğudan Osmanlılar,deniz yönünden Latinlerin sıkıştırması bu sonu hızlandırmıştır.Bugün Bozdoğan´da eski Nazilli caddesi yada Şose caddesi diye bilinen caddelerin eski adının Ceneviz Mahallesi olarak bilinmesi,Latinlerin Bozdoğan´a geldikleri hatta buraya yerleştikleri bilinir.Burada bazı yerlerin Rum mahallesi olarak bilinir.Ankara Muharebesinden sonra Timur ,Aydınoğullarına ülkelerini geri verdi.Fakat 2. Murat Osmanlılara devamlı sorun çıkaran Aydınoğulları beyliğine son verdi.Böylece Bozdoğan bir daha el değiştirmiş oldu.Fakat sosyal bir değişiklik olmadı.Bu durumun sonunda onlarda Selçuklular gibi buraya doğrudan gelen Türkleri yerleştirmişlerdir.