Eski adı Kırka olan ilçe toprakları sırasıyla Hititler, Frigler, Lidyalılar, Perslerden sonra MÖ 336 yılında Büyük İskender´in eline geçmiştir. Helenistik dönemde Bitinya Krallığı´na bağlanan bölge, M. Ö. birinci asırda Pers asıllı fakat Yunanca konuşan Pontus Devleti´nin saldırısıan uğradı. Bitinya´nın son kralı Üçüncü Nikomedes Romalıları yardıma çağırdı. Pontus Krallığı yenildi. Bitinya Kralı Üçüncü Nikomedes ölünce vasiyeti icabı bu yöre Roma İmparatorluğuna katıldı. Daha sonra Bizans İmparatorluğuna bağlanan bölge, 1074 yılında Anadolu Selçukluları tarafından fethedildiyse de bu egemenlik kısa sürdü. 1097 yılında bölge yeniden Bizans´ın eline geçti. Daha sonra İznik Rum İmparatorluğu´na bağlanan bölge, 1323 yılında Osmanoğulları bölgeyi ele geçirdi. 1402 yılında Candaroğullarının eline geçen bölge, 1419 yılında yeniden Osmanlıların eline geçti. Osmanlı döneminde önce Sultanönü (Eskişehir) sancağına bağlandı. 15. yüzyılın başlarında Anadolu eyaletine bağlı Bursa sancağının Göynük kazasına bağlı bir köydü. Daha sonra Göynük kazası 16. yüzyılın yarısında Bolu sancağına bağlandı. 1694 yılında Bolu sancağı voyvodalığa yani bağımsız kazaya, Göynük te kazalıktan bucaklığa indirildi. Bu durum 1811´e kadar sürdü. 1811´de Bolu bağımsız sancak yani Mutasarraflık oldı. 1864 yılında Bolu sancağı Kastamonu vilayetine bağlandı. Bu dönemde Yenipazar ismini alan Kırka, Bolu Sancağının Göynük Kazasına bağlı köydü. Kurtuluş savaşından sonra Bilecik´in Söğüt ilçesine bağlanan yöre, 1926 yılında ilçe yapılan Gölpazarı ilçesine bucak olarak bağlanmış, 1988 yılında ilçe olmuştur.