Fırat ve Dicle vadilerinin genellikle Pers egemenliğinde olduğu dönemlerde Kemaliye (Eğin) de Pers egemenliğinde kalmıştır. Eğin, daha sonra başlayan Roma devri ve onu takiben Bizans dönemini yaşamıştır. İslamiyetin yayılmaya başlamasıyla birlikte Arap orduları bölgeye akınlar düzenlemişlerdir. Daha sonra Malazgirt Meydan Muharebesi ile bölge Türklerin eline geçmiş ve Selçukluların Anadoluya hakim olmaları ile birlikte Selçuklu Egemenliği başlamıştır. 1058´den sonra bir kısım Türkmen boyları Kemah´tan sonra Eğin´i işgal ederek Malatya Ovasına inmişlerdir. 1100 yılına kadar yarım yüzyıl boyunca Eğin çeşitli Türk boylarının ve komutanlarının uğradığı kalelerden biri olmuştur. Bu tarihte kale Gümüş Tigin eliyle Türk hâkimiyetine katılmıştır. Bundan sonra bir süre Danişmendlilerin Malatya koluna tabi olan Eğin, 1106´dan itibaren Anadolu Selçuklu Sultanlığına bağlanmıştı. 1243 Kösedağ Savaşından sonra Moğol hâkimiyetine giren bölge, bir süre de yerli Türkmen ve Moğol beyleri ile Mısır Memluklerinin etkisi altında kalmıştır. İlk olarak Çelebi Sultan Mehmet zamanında Osmanlı egemenliğine giren Eğin´e, bilhassa Yavuz Sultan Selim zamanında çok önem verilmiştir. Yavuz Sultan Selim, Kafkasya´dan gelen aileleri Eğin´e yerleştirerek, geçimlerini sağlamaları için İstanbul´da et satışını yönetmek üzere bir ferman vermiştir. Daha sonra IV.Murad döneminde odun ve kömür kethüdalığı da Eğin´e verilmiştir. Kemaliyelilerin büyük şehirlerde genelde kasap ve kömürcü olmalarının temelinde bu hususun önemli bir yeri vardır. XVII. yüzyılda Eğin, bağ ve bahçeler arasında, 1000 kadar evli, bayındır bir yer olarak tanıtılmaktadır. XIX. yüzyılda Eğin´i ziyaret eden ve Osmanlı ordusunda danışman olarak görev yapan Alman yazar Moltke, şehrin yeşillikler içinde şirin bir yer olduğunu, Müslümanların tarım ve hayvancılıkla, yerli Ermenilerin ise ticaret ve sanatla uğraştığını anlatır. Moltke, 8 Nisan 1839 tarihli "Türkiye Hatıraları" adlı kitabında Eğin´e iki sayfa ayırmış ve Asya´daki en güzel şehir olarak tanımlamıştır. Eğin, XIX.yüzyılın ilk yarısında Harput´a ve 1878´de Mamuret‐ül‐Aziz (Elazığ) vilayetine bağlanmıştır. Daha sonra Malatya´ya bağlanan Eğin´in adı 1922 yılında TBMM icra vekilleri tarafından Mustafa Kemal Paşa´nın adına ithafen Kemaliye olarak değiştirilmiş, 11 Mayıs 1938´de ise Erzincan´a bağlanmıştır.