Boğazlıyan ilçesi ve çevresindeki tarihi kalıntılar incelendiğinde Hitit uygarlığı döneminde yerleşim merkezi olarak kullanıldığı daha sonraki dönemlerde Frgi, Lidra, Pers ve Kapadokya devletlerinin hüküm sürdüğü anlaşılmaktadır. M.Ö. 1 yüzyılda Anadolu toprakları Romalıların eline geçmesiyle Boğazlıyan ve çevresi de Roma egemenliğine girmiş, ardından MS 395 yılında Roma İmparatorluğundan Doğu Roma İmparatorluğu hakimiyetine geçmiştir. Türklerin Malazgirt Savaşı ile Anadoluya yerleşmelerinin ardından Boğazlıyan Danişmentliler topraklarına katılmış, daha sonra Anadolu’daki Moğol istilasının ardından Boğazlıyan 1340’ta Eretna Beyliği’ne bağlanmıştır. Kayseri merkezli olan Kadı Burhanettin Devleti’nin; hükümdarı Kadı Burhanettin’in ölümüyle, Osmanlı egemenliğinde yaşayan Boğazlıyan 1408’de Osmanlı topraklarına katılmıştır. XVI. yüzyıla ait Osmanlı belgelerinde Boğazlıyan, cemaat ve mezra adı olarak kullanılmaktadır. Boğazlıyan cemaati, Boğazlıyan, Karacain ve Kızılcakışla arazilerini değerlendirmiştir. Şam Bayadı kabilesine bağlı olan Boğazlıyan Cemaati 1530’da 37 vergi nüfusuna sahipti. 1539 yılında Bozok Sancağına bağlı bir nahiye olan Boğazlıyan, 1642 yılında kaza olmuştur. XVIII. yüzyılın ortalarına kadar bir köy görünümündeki Yozgat’a, Çapanoğulları tarafından Demirli Medrese ve Büyük Cami yaptırılmış ve ardından hamam, mektep, dükkan vs. gibi yapılarla Yozgat güzel bir şehir havasına bürünmüştür.